La historia aborda los sucesos iniciados por el nacimiento de 9 (Elijah Wood), quien rápidamente se encuentra en un mundo post-apocalíptico. Todos los seres humanos han desaparecido, y por el azar descubre una comunidad de otros que son similares a él, quienes buscan refugio de unas terroríficas máquinas que avanzan en la tierra en búsqueda de la extinción total de todo ser viviente. A pesar de ser el neófito del grupo, 9 los convence de que ocultarse no les hará ningún bien, por lo que deben descubrir las motivaciones que impulsan a las máquinas a destruirlos. El asunto es que poco a poco se dan cuenta que el futuro depende de ellos.
